La production biologique a toujours existé en Estonie et connaît une forte croissance ces dernières années. Selon le dernier rapport du ministère de l'agriculture, les terres cultivées en agriculture biologique représentent en 2016 près de 184,754 ha soit 18% de la surface exploitée.
C’est aussi 8% de plus que pour l’année 2015. Les Estoniens jouissent d’une nature préservée et plus de 610 000 ha sont encore aujourd’hui consacrés à la cueillette. On dénombre 1750 fermes en Estonie se revendiquant « bio ». La plus part de ces fermes font moins de 100ha et seule une quinzaine d’entre elles dépassent les 1 000 ha. La pluspart des fermes sont situées à l’Est et au sud du pays. Le niveau d’auto-approvisionnement du pays est de 59% pour les légumes, 10% pour les fruits et les baies. Le pays est importateur car la production locale n’est pas suffisante et présente une caractéristique instable compte tenu du climat.